Identification of free living amoeba and testate amoeba from sediments using to DNA probes
Keywords:
Gymnamoeba, Arcelinidae, sediments, Golf of Mexico, protists, testate amoeba, sea free living amoeba, sea habitat, mangroves, wetlands
Abstract
The free living amoeba belong to Gymnamoeba have important members from soil and sediments, and the others aquatic ecosystems. In the sea aquatic ecosystems have species that belong an others taxonomic kind. We found in this description Acanthamoeba species and Mayorella species from sediments. Others genus founded belong to sea environment, as Vexilifera. Species from sea environment of testate amoeba were identified from sediments, as Arcella species. This study was realized in the mangroves bank from Morro (Veracruz); zone in which realized sampled of sediments, using to process of filter and dilution with saline solution (0.8%) until produce to supernatant for mounting this protist and their identification by fluorescence microscopy using to fluorocromo as DNA probes. In this work were identified 6 genera of Gymnamoeba and 2 genera of testate amoeba for identification by DNA probes by analyzed and build a cataloguist of many species founded from sediments.
Downloads
Download data is not yet available.
References
ADL, S. M., A. G. B. SIMPSON, C. E. LANE, J. LUKEŠ, D. BASS, S. S. BOWSER, M. W BROWN, F. BURKI, M. DUNTHORN, V. HAMPL, A. HEISS, M. HOPPENRATH, E. LARA, L. L. GALL, D. H. LYNN, H. MCMANUS, E. A. D. MITCHELL, S. E. MOZLEY-STANRIDGE, L. W. PARFREY, J. PAWLOWSKI, S. RUECKERT, L. SHADWICK, C. L. SCHOCH, A. SMIRNOV y W. FREDERICK. 2012. The Revised Classification of Eukaryotes. Journal of Eukaryotic Microbiology. 59: 429-514.
BOVEE, E. C. y K. SAWYER THOMAS. 1979. Marine flora and fauna of the northeastern United States. Protozoa: Sarcodina: amoebae. Seattle: National Marine Fisheries Service. Penn State University. U.S.A. 64pp.
CONABIO. 2009. Manglares de México: Extensión y distribución. 2ª ed. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad. México. 99 pp.
COSTELLO, M. J., C. S. EMBLOW y R. WHITE (EDITORS). 2001. European Register of Marine Species. A check-list of the marine species in Europe and a bibliography of guides to their identification. Patrimoines Naturels. 50: 463 p.
FINLAY B.J.2004.Protist taxonomy: an ecological perspective. Phil. Trans. R. Soc. Lond. B 359: 599-610.
FIORE-DONNO, A. M., J. WEINERT, T. WUBET y M BONKOWSKI. 2016. Metacommunity analysis of amoeboid protists in grassland soils. Sci. Rep. 6: 19068.
GALLEGOS-NEYRA, E. M., A. LUGO-VÁZQUEZ, A. CALDERÓN-VEGA, M. R. SÁNCHEZ-RODRÍGUEZ Y R. MAYÉN-ESTRADA. 2014. Biodiversidad de protistas amébidos de vida libre en México. Revista Mexicana de Biodiversidad, Supl. 85: S10-S25, 2014. DOI: 10.7550/rmb.33691
GALLEGOS-NEYRA, E. M., J. M. BECERRA-CIGARROA, M. G. FIGUEROA- MÉNDEZ, S. A. FUENTES-ZUNO, A. R. HERNÁNDEZ- ZAMARRIPA, M. J. MENDOZA- ROMERO, A. D. CORONA ARZOLA, D. I. JAVIER-VENEGAS y G. S. VILLA-DELAVEQUIA. 2018. Amibas de vida libre en playas de Tuxpan y Arrecife Ingeniero, Veracruz,
México. Revista de Zoología 29: 1-5.
GÓMEZ-YÁÑEZ, U. J., V. H. MEJÍA-GUTIÉRREZ., M. NAVARRO-DÍAZ., S. B. VILLEGAS-GARCÍA, S. B. PERTUZ-BELLOSO Y M. L. GONZÁLEZ-RESÉNDIZ. 2011. Biodiversidad de protozoos, una introducción a su estudio con muestras de suelo del Manglar en el Morro de la Mancha; Veracruz (México). Poster. III Coloquio Estudiantil de Investigaciones con protistas, 31 de mayo al 2 de junio de 2011,
Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Autónoma de México, distrito federal, México.
MEDIA CYBERNETICS. IMAGE-PRO [Software]. 2002. Disponible en https://mediacy.com/image-pro/.
MICROCAL TM ORIGIN. MICROCAL Version 6.0 [Software]. 1999. Disponible en https:// microcal.com.
MUNYENYEMBE, K., T. CAITLIN, A. K. WEINER, L. A., KATZ y. YING. 2021. DAPI staining and DNA content estimation of nuclei in uncultivable microbial eukaryotes (Arcellinida and Ciliates). Eur J. Protistol. 81: 1-13. DOI: 10.1016/j.ejop.2021.125840
NASSER, N. A., R. T. PATTERSON, J. M. GALLOWAY y H. FALCK. 2020. Intra-lake response of Arcellinida (testate lobose amoebae) to gold mining-derived arsenic contamination in northern Canada: Implications for environmental monitoring. Peer J: 8: e9054. DOI 10.7717/peerj.9054
NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION. 2024. PubChem Compound Summary for CID 2954, 4',6-Diamidino-2-phenylindole. [Documento en línea]. Disponible en https://pubchem. ncbi.nlm.nih.gov/compound/4_6-Diamidino-2- phenylindole. [Consultado 15-12- 2024].
PAGE, F. C. 1976. An Illustrated to key: Freshwater and Soil Amoebae: With notes on Cultivation and Ecology. Editor. Freshwater Biological Association. U.S.A. 155pp. https://archive.org/details/ illustratedkeyto0000.
PAGE, F. C. 1983. Marine Gymnamoebae. Institute of Terrestrial Ecology. Cambridge. UK. 54pp. https://nora.nerc.ac.uk/id/eprint/5144
PERTUZ, B. S. B. 1996. Remoción de quistes de Giardia sp. de aguas residuales por biotratamiento con plantas acuáticas, Jacinto de agua Eichhornia crassipes. Trabajo especial de grado, Departamento de Biología, Facultad Experimental de Ciencias, Universidad del Zulia, Maracaibo. Venezuela. 105pp.
SALAZAR-ARDILES, C., A. PÉREZ-ARANCIBIA, L. ASSERELLA-REBOLLO Y B. GÓMEZ-SILVA. 2022. Presence of Free-living Acanthamoeba in Loa and Salado Rivers. Microorganisms. 10: 2315. https://doi.org/10.3390/microorganisms10122315.
SIEMENSMA, F. J. 2019. Visual Key: Lobose Testate Amoebae. Microworld, world of amoeboid organisms [Base de Datos] disponible en World-wide electronic publication, Kortenhoef. The Netherlands. [Consultado 19 de febrero del 2025].
SIGALA, I., S. LOZANO-GARCÍA, J. ESCOBAR, L. PÉREZ Y E. GALLEGOS-NEYRA. 2016. Testate Amoebae (Amebozoa: Arcellinida) in Tropical Lakes of Central Mexico. Rev. Biol. Trop. 64: 377-397.
SINGER, D., C. V. W SEPPEY., A. G LENTENDU, M. DUNTHORN, D. BASS, L. BELBAHRI, Q. BLANDENIER, Q. BLANDENIER, D. DEBROAS, G. GROOT, C. VARGAS, I. DOMAIZON, C. DUCKERT, I. IZAGUIRRE, I. KOENIG, G. MATALONI, M R. SCHIAFFINO, E.A.D. MITCHELL, S. GEISEN, E. LARA. 2021. Protist taxonomic and functional diversity in soil, freshwater and marine ecosystems. Environment International. 146:1- 8. DOI: 10.1016/j.envint.2020.106262
SMIRNOV, A. V., E. S. NASSONOVA, E. C., T. CAVALIER-SMITH. 2007. Phylogeny, evolution, and taxonomy of vannellid amoebae. Protist. 158:295-324. DOI: 10.1016/j.protis.2007.04.004
SMITH, H. G., A. BOBROV AND E. LARA. 2008. Diversity and biogeography of testate amoebae. Biodiversity and Conservation. 17: 329-343.
TOMASSINI, L., M. S. DOMINGUEZ, K. S. ESQUIUS Y V. R. RANDAZZO. 2024. Primer aislamiento de Acanthamoeba spp. en agua de mar del sudeste bonaerense, Argentina. Revista Argentina de Microbiología. 56: 221-226.
WORMS 2025. Mayorella Schaeffer, 1926. [Documento en línea] Disponible en [http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=120551 on 2019-04-15]. [Consultado 20-02- 2025]
WORMS 2025. Vannella anglica Page, 1980. [Documento en línea] Disponible en [http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=120657 on 2019-04-15]. [Consultado 20-02- 2025].
WORMS 2025. Vexilliferidae. [Documento en línea] Disponible en ttp://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=22725 on 2019-04-15]. [Consultado 19-02- 2025]
BOVEE, E. C. y K. SAWYER THOMAS. 1979. Marine flora and fauna of the northeastern United States. Protozoa: Sarcodina: amoebae. Seattle: National Marine Fisheries Service. Penn State University. U.S.A. 64pp.
CONABIO. 2009. Manglares de México: Extensión y distribución. 2ª ed. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad. México. 99 pp.
COSTELLO, M. J., C. S. EMBLOW y R. WHITE (EDITORS). 2001. European Register of Marine Species. A check-list of the marine species in Europe and a bibliography of guides to their identification. Patrimoines Naturels. 50: 463 p.
FINLAY B.J.2004.Protist taxonomy: an ecological perspective. Phil. Trans. R. Soc. Lond. B 359: 599-610.
FIORE-DONNO, A. M., J. WEINERT, T. WUBET y M BONKOWSKI. 2016. Metacommunity analysis of amoeboid protists in grassland soils. Sci. Rep. 6: 19068.
GALLEGOS-NEYRA, E. M., A. LUGO-VÁZQUEZ, A. CALDERÓN-VEGA, M. R. SÁNCHEZ-RODRÍGUEZ Y R. MAYÉN-ESTRADA. 2014. Biodiversidad de protistas amébidos de vida libre en México. Revista Mexicana de Biodiversidad, Supl. 85: S10-S25, 2014. DOI: 10.7550/rmb.33691
GALLEGOS-NEYRA, E. M., J. M. BECERRA-CIGARROA, M. G. FIGUEROA- MÉNDEZ, S. A. FUENTES-ZUNO, A. R. HERNÁNDEZ- ZAMARRIPA, M. J. MENDOZA- ROMERO, A. D. CORONA ARZOLA, D. I. JAVIER-VENEGAS y G. S. VILLA-DELAVEQUIA. 2018. Amibas de vida libre en playas de Tuxpan y Arrecife Ingeniero, Veracruz,
México. Revista de Zoología 29: 1-5.
GÓMEZ-YÁÑEZ, U. J., V. H. MEJÍA-GUTIÉRREZ., M. NAVARRO-DÍAZ., S. B. VILLEGAS-GARCÍA, S. B. PERTUZ-BELLOSO Y M. L. GONZÁLEZ-RESÉNDIZ. 2011. Biodiversidad de protozoos, una introducción a su estudio con muestras de suelo del Manglar en el Morro de la Mancha; Veracruz (México). Poster. III Coloquio Estudiantil de Investigaciones con protistas, 31 de mayo al 2 de junio de 2011,
Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Autónoma de México, distrito federal, México.
MEDIA CYBERNETICS. IMAGE-PRO [Software]. 2002. Disponible en https://mediacy.com/image-pro/.
MICROCAL TM ORIGIN. MICROCAL Version 6.0 [Software]. 1999. Disponible en https:// microcal.com.
MUNYENYEMBE, K., T. CAITLIN, A. K. WEINER, L. A., KATZ y. YING. 2021. DAPI staining and DNA content estimation of nuclei in uncultivable microbial eukaryotes (Arcellinida and Ciliates). Eur J. Protistol. 81: 1-13. DOI: 10.1016/j.ejop.2021.125840
NASSER, N. A., R. T. PATTERSON, J. M. GALLOWAY y H. FALCK. 2020. Intra-lake response of Arcellinida (testate lobose amoebae) to gold mining-derived arsenic contamination in northern Canada: Implications for environmental monitoring. Peer J: 8: e9054. DOI 10.7717/peerj.9054
NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION. 2024. PubChem Compound Summary for CID 2954, 4',6-Diamidino-2-phenylindole. [Documento en línea]. Disponible en https://pubchem. ncbi.nlm.nih.gov/compound/4_6-Diamidino-2- phenylindole. [Consultado 15-12- 2024].
PAGE, F. C. 1976. An Illustrated to key: Freshwater and Soil Amoebae: With notes on Cultivation and Ecology. Editor. Freshwater Biological Association. U.S.A. 155pp. https://archive.org/details/ illustratedkeyto0000.
PAGE, F. C. 1983. Marine Gymnamoebae. Institute of Terrestrial Ecology. Cambridge. UK. 54pp. https://nora.nerc.ac.uk/id/eprint/5144
PERTUZ, B. S. B. 1996. Remoción de quistes de Giardia sp. de aguas residuales por biotratamiento con plantas acuáticas, Jacinto de agua Eichhornia crassipes. Trabajo especial de grado, Departamento de Biología, Facultad Experimental de Ciencias, Universidad del Zulia, Maracaibo. Venezuela. 105pp.
SALAZAR-ARDILES, C., A. PÉREZ-ARANCIBIA, L. ASSERELLA-REBOLLO Y B. GÓMEZ-SILVA. 2022. Presence of Free-living Acanthamoeba in Loa and Salado Rivers. Microorganisms. 10: 2315. https://doi.org/10.3390/microorganisms10122315.
SIEMENSMA, F. J. 2019. Visual Key: Lobose Testate Amoebae. Microworld, world of amoeboid organisms [Base de Datos] disponible en World-wide electronic publication, Kortenhoef. The Netherlands. [Consultado 19 de febrero del 2025].
SIGALA, I., S. LOZANO-GARCÍA, J. ESCOBAR, L. PÉREZ Y E. GALLEGOS-NEYRA. 2016. Testate Amoebae (Amebozoa: Arcellinida) in Tropical Lakes of Central Mexico. Rev. Biol. Trop. 64: 377-397.
SINGER, D., C. V. W SEPPEY., A. G LENTENDU, M. DUNTHORN, D. BASS, L. BELBAHRI, Q. BLANDENIER, Q. BLANDENIER, D. DEBROAS, G. GROOT, C. VARGAS, I. DOMAIZON, C. DUCKERT, I. IZAGUIRRE, I. KOENIG, G. MATALONI, M R. SCHIAFFINO, E.A.D. MITCHELL, S. GEISEN, E. LARA. 2021. Protist taxonomic and functional diversity in soil, freshwater and marine ecosystems. Environment International. 146:1- 8. DOI: 10.1016/j.envint.2020.106262
SMIRNOV, A. V., E. S. NASSONOVA, E. C., T. CAVALIER-SMITH. 2007. Phylogeny, evolution, and taxonomy of vannellid amoebae. Protist. 158:295-324. DOI: 10.1016/j.protis.2007.04.004
SMITH, H. G., A. BOBROV AND E. LARA. 2008. Diversity and biogeography of testate amoebae. Biodiversity and Conservation. 17: 329-343.
TOMASSINI, L., M. S. DOMINGUEZ, K. S. ESQUIUS Y V. R. RANDAZZO. 2024. Primer aislamiento de Acanthamoeba spp. en agua de mar del sudeste bonaerense, Argentina. Revista Argentina de Microbiología. 56: 221-226.
WORMS 2025. Mayorella Schaeffer, 1926. [Documento en línea] Disponible en [http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=120551 on 2019-04-15]. [Consultado 20-02- 2025]
WORMS 2025. Vannella anglica Page, 1980. [Documento en línea] Disponible en [http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=120657 on 2019-04-15]. [Consultado 20-02- 2025].
WORMS 2025. Vexilliferidae. [Documento en línea] Disponible en ttp://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=22725 on 2019-04-15]. [Consultado 19-02- 2025]
Published
2025-08-25
How to Cite
Pertuz Belloso, S. B. (2025). Identification of free living amoeba and testate amoeba from sediments using to DNA probes. Boletín Del Centro De Investigaciones Biológicas, 59(1), 33-52. https://doi.org/10.5281/zenodo.17155095
Section
Articulos
Los autores/as que publiquen en esta revista aceptan las siguientes condiciones:Â
- Los autores/as conservan los derechos de autor y ceden a la revista el derecho de la primera publicación, con el trabajo registrado con la licencia de atribución de Creative Commons, que permite a terceros utilizar lo publicado siempre que mencionen la autoría del trabajo y a la primera publicación en esta revista.
- Los autores/as pueden realizar otros acuerdos contractuales independientes y adicionales para la distribución no exclusiva de la versión del artículo publicado en esta revista (p. ej., incluirlo en un repositorio institucional o publicarlo en un libro) siempre que indiquen claramente que el trabajo se publicó por primera vez en esta revista.
- Se permite y recomienda a los autores/as a publicar su trabajo en Internet (por ejemplo en páginas institucionales o personales) antes y durante el proceso de revisión y publicación, ya que puede conducir a intercambios productivos y a una mayor y más rápida difusión del trabajo publicado (vea The Effect of Open Access).
